Durant la Première Guerre mondiale, Emanuel Moravec sert dans l'armée austro-hongroise, mais après sa capture par les Russes, il change de camp pour rejoindre les forces serbes, soutenues par la Russie, puis les légions tchécoslovaques, qui continuent à combattre aux côtés des Russes blancs pendant la guerre civile russe. Pendant l'entre-deux-guerres, il commande un bataillon d'infanterie, dans l'armée tchécoslovaque. En tant que partisan de la démocratie, dans les années 1930, Emanuel Moravec met en garde, avec ferveur, contre les plans expansionnistes de l'Allemagne d'Adolf Hitler et appelle à l'action armée plutôt qu'à la capitulation devant les exigences allemandes du Sudetenland. Au lendemain de l'occupation allemande de la Tchécoslovaquie, il devient un collaborateur enthousiaste et réaligne sa vision politique du monde sur le Fascisme.
Le commando TIN (dirigé par Ludvík Cupal), parachuté, avait en vue son assassinat, mais il ne put arriver à ses fins.
Il se suicide dans les derniers jours de la Seconde Guerre mondiale. Contrairement à d'autres fonctionnaires du protectorat de courte durée, dont la réputation a été totalement ou partiellement réhabilitée après la guerre, celle d'Emanuel Moravec n'a pas survécu à son mandat et il est largement ridiculisé comme étant le Quisling(en) tchèque.
