Ernst von Poten commence sa carrière comme sous-lieutenant à l'Académie militaire, le . Il sert dans l'armée autrichienne pendant la Première Guerre mondiale. Après la guerre, il poursuit sa carrière dans l'armée autrichienne. Il est promu lieutenant-colonel au début de 1934. Après l'Anschluss, Ernst von Poten est incorporé dans la Wehrmacht à la mi-, en conservant son grade. Le , il est nommé commandant d'un régiment d'artillerie de montagne, dans le XVIIIe district militaire. Le , il est nommé commandant du 34erégiment d'artillerie de Trèves.
Là, il est promu colonel, le . Au début de la Seconde Guerre mondiale, il est nommé commandant d'un régiment d'artillerie de réserve à Stettin (Szczecin). Avec son régiment, il est ensuite affecté dans les forces d'occupation au Danemark. À l'été 1940, Ernst von Poten fait mouvement avec son régiment vers la France. À la mi-, il est nommé commandant du 340e Régiment d'artillerie. Au printemps de 1941, il est affecté avec son régiment dans le nord de la France.
En , il est nommé commandant du 172erégiment d'artillerie en Crimée, près de Sébastopol. Le , il est promu au grade de Generalmajor. Le , il est nommé commandant militaire de Metz, poste qu'il occupe jusqu'en . Il doit remettre son commandement au moment où la bataille de Metz s'engage. Le , il est rayé des cadres d'active de la Wehrmacht.
