Erwin Huppert s'installe à Lausanne en 1943. Après des études artistiques, il fait carrière comme acteur sur la scène de la Compagnie des Faux Nez fondée en 1948 à Lausanne par Charles Apothéloz[1]. Il joue également à Paris. En 1956, il réalise son premier film, Début, mêlée et dissolution, un court métrage d'animation, directement dessiné sur la pellicule. Après différentes voyages ethnographiques, il réalise Les pèlerins du soleil (1957), un long métrage documentaire. En 1963, avec Pa..Pa..Pillon, il réalise un montage de films publicitaires. Ses réalisations constituent parmi les premiers exemples de films expérimentaux suisses[2].
Un temps propriétaire d'un théâtre de marionnettes, Huppert devient directeur de la photographie à partir de la fin des années 1960, avec Quatre d'entre elles (1968, coréalisé entre autres par Francis Reusser et Jacques Sandoz)[3], puis sur de nombreux longs métrages, entre autres aux côtés de Marcel Hanoun dont il était très proche, et de Frédéric Compain[4]. Il poursuit également une activité en rapport avec le théâtre, dirigeant la lumière[5],[6].
Sous le pseudonyme de Jerry Auchauer, il dirige dans les années 1980 la photographie de productions à caractère pornographique[7].