Au moment de son départ pour Natchez, son frère William Claiborne occupe le poste de gouverneur et surintendant des Affaires indiennes pour le Territoire du Mississippi. Élu en 1804 pour servir dans la 3e Assemblée générale du Territoire du Mississippi, Claiborne connaît une rapide ascension. Nommé colonel de la milice du comté d'Adams, il reçoit l'ordre en 1806 de dépêcher une unité en soutien au général James Wilkinson au cours de l'expédition de la Sabine(en). Un différend politique entre Claiborne et le gouverneur Robert Williams(en) conduit aux révocations de ses commissions comme colonel de milice et magistrat.
Guerre de 1812 et guerre Creek
Un changement dans l'administration territoriale conduit le gouverneur David Holmes à demander au Président des États-Unis de donner à Claiborne une commission de brigadier-général de la milice du territoire. Approuvée par le législature en 1809, cette nomination est faite en 1811. Lorsque la guerre avec le Royaume-Uni est déclarée en 1812, il est fait colonel des volontaires du Mississippi avant d'être promu général de brigade des volontaires en .
Rowland, Dunbar (1907), Encyclopedia of Mississippi History: Comprising Sketches of Counties, Towns, Events, Institutions and Persons. S. A. Brant. p.423–424.
Heidler, David S. (2004). Jeanne T. Heidler, ed. Encyclopedia of the War of 1812 (1st Naval Institute Press pbk. ed. ed.). Annapolis, Md.: Naval Institute Press. p.106–107, 163, 354. (ISBN1591143624).
Rowland, Dunbar (1907). Mississippi: Comprising Sketches of Towns, Events, Institutions, and Persons, Arranged in Cyclopedic Form, Volume 2. Southern Historical Publishing Association. p.79.
