Le fort construit par les espagnols au XVIIIe siècle fut étroitement associé à la guerre de 1812 et à la guerre de Sécession. Lors de la première phase de son histoire, en raison de la rivalité entre les trois puissances coloniales qu'étaient l'Espagne, la France et la Grande-Bretagne, il fut à plusieurs reprises détruit puis reconstruit. Les Espagnols le construisirent en 1787 sur un promontoire nommé « Barrancas de Santo Tome », sur lequel ils avaient déjà érigé en 1698 une première fortification, nommée « Fort San Carlos de Austria », qui avait été détruit en 1719 par les Français. De 1763 à 1781, ce fut au tour des Britanniques de contrôler Pensacola – qui leur fut repris par l'expédition espagnole de 1781. Le fort semi-circulaire en briques de Pensacola constituait avec Saint Augustine leurs têtes de pont en Floride Occidentale, au sud-est des États-Unis.
La collaboration des Espagnols avec les forces Britanniques lors de la Guerre de 1812 conduisit Andrew Jackson à attaquer Pensacola en 1814. Les forces britanniques qui occupaient alors le fort se replièrent sur leurs navires après avoir fait exploser la fortification. Lorsque Jackson poursuivit vers La Nouvelle-Orléans, les Espagnols revinrent et commencèrent à rebâtir le fort. Quatre ans plus tard, vers la fin de la Première Guerre séminole, Jackson attaqua à nouveau Pensacola. En acceptant la reddition du gouverneur espagnol installé au Fort San Carlos de Barrancas, il prit en fait le contrôle de la Floride Occidentale au nom des États-Unis.
Afin d'améliorer les défenses côtières après la Guerre de 1812, les troupes américaines renforcèrent les fortifications de la baie de Pensacola. Entre 1833 et 1844, juste à l'arrière du Fort San Carlos de Barrancas, il construisirent une nouvelle fortification, le fort Barrancas ; puis, faisant partie du complexe défensif, le fort Redoubt à moins de mille mètres au nord. Lors de la guerre de Sécession, les trois forts furent tout d'abord aux mains des Confédérés puis de l'Union.
