Après s'être révolté contre l'Église, il réussit à devenir seigneur absolu de ces deux villes en 1319 mais est destitué 1327 par son fils Albergheto I Manfredi qui prend la ville avec l'aide des da Polenta de Ravenne et des Ordelaffi de Forlì. Quelques mois plus tard Albergheto perd la ville au profit des États pontificaux et est exécuté à Bologne.
Francesco et ses fils restant, Riccardo et Tino, rentrent à Faenza mais il n'exerce plus de charge particulière jusqu'en août 1340, date à laquelle il réussit à reprendre le pouvoir à Faenza à la suite de la mort de Riccardo, nommé quelques années auparavant gouverneur de la cité, et à le conserver jusqu’en 1341 établissant alors la suprématie de la famille Manfredi sur la ville de façon pratiquement ininterrompue jusqu’en 1503.
