Franz Xaver Weininger naît au château de Wildhaus, au bord de la Drave. Sa mère, issue de la noblesse, est fort pieuse. Il est élevé au lycée à Vienne, et se tourne ensuite vers des études de pharmacie, à Laibach. À dix-sept ans Franz Xaver Weninger est attiré par la prêtrise. Il oriente ses études vers la théologie et la dogmatique.
Franz Waver Weninger est ordonné prêtre en 1828 et devient docteur en théologie en 1829. Il est nommé chapelain du nonce à Vienne.
Son frère cadet, Alexander, était auparavant devenu jésuite et Franz Xaver, dont le saint patron est le premier missionnaire jésuite François Xavier, le rejoint dans la compagnie de Jésus en 1832. Il exerce son ministère en Autriche et devient le confesseur de personnalités comme la duchesse de Berry en exil.
Cependant les jésuites sont chassés par la révolution de 1848 et le père Weninger part pour les États-Unis, où la Compagnie se développe rapidement. Il se rend d'abord à New York et tient son premier sermon (en anglais) à l'église de la Trinité de Williamsburg (Brooklyn). Le père Weninger maîtrise aussi bien l'anglais que le français (en plus de l'allemand), et dès lors devient missionnaire dans le nord du pays et au Canada auprès des colons germanophones, anglophones ou francophones. Ses prédications attirent les foules. Rien que pour l'année 1854, il organise plus de mille prédications dans différentes missions du nord. Il reçoit le soutien de la mission léopoldine(de) et de la société de mission Louis(de)bavaroise, ce qui lui permet d'ouvrir des missions dans le nord, le Midwest, etc. et de relater ses aventures missionnaires aux lecteurs des journaux de ces missions. Il publie ainsi plus de soixante livres de récits qui sont fort appréciés par le lectorat catholique d'Allemagne et d'Autriche, et même des cantiques et chants religieux.
Le père Weninger se rend en 1881 à Carthagène en Colombie sur les traces des missionnaires jésuites d'autrefois et en particulier à la recherche des restes de saint Pierre Claver, quelque temps avant sa béatification. Il a une grande dévotion envers lui et s'en fait un ardent propagateur. Lui-même est également missionnaire auprès des Indiens et des Noirs.
