Ayant entendu parler de la Réforme, Bourgoin voulut d’abord en connaitre les doctrines avant de les condamner, et cet examen acquit un partisan de plus à la religion protestante. Ayant quitté la France, il se retira à Genève, où il se fit recevoir ministre. Théodore de Bèze a dit de lui qu’il était un homme de savoir et d’expérience.
Après avoir desservi pendant quelque temps à Jussy, presque aux portes de la ville, il fut appelé à remplir les fonctions pastorales dans la ville même, en 1515, et le Conseil lui accorda des lettres de bourgeoisie, en 1556. Néanmoins il ne put se décider à se fixer à Genève, et il demanda un congé pour rentrer en France, où il desservit pendant quelque temps les églises de Chaumont et de Troyes, et où il fonda celle de Moulins.
Dans son Discours chrétien, Jean Bruneau prétend qu’il arriva « bien piètre » à Gien, et « qu’il eût voulu ravoir sa chanoinie, qui lui eût pu davantage servir que sa femme » ; mais La Monnoye fait observer que Jean Bruneau, qui ne date pas ce fait, aurait dû, pour lui donner plus d’autorité, le publier du vivant de François Bourgoin. La calomnie parait assez avérée.
