Son premier emploi, en 1942, a été celui de secrétaire de la Chambre suisse de l'horlogerie à La Chaux-de-Fonds. Deux ans plus tard, il devient secrétaire de l'Association zurichoise de l'industrie de la soie. Il occupe ce poste pendant 17 ans, avant d'être nommé en 1961 directeur de la Chambre de commerce de Zurich. Sur le plan militaire, Honegger mène sa carrière jusqu'au grade de colonel, à la tête d'un régiment d'infanterie.
Il épouse tôt[réf.nécessaire] les thèses du PRD et commence sa carrière politique en 1958 comme président de sa commune de domicile, Rüschlikon (ZH), où il a vécu jusqu'à sa mort.
L'élection de Fritz Honegger s'est inscrite dans la période de récession qui a suivi la crise énergétique de 1973/74[pasclair]. C'est sous son égide qu'ont été élaborées les lois fédérales sur les cartels, sur la formation professionnelle et sur l'assurance-chômage. Durant ses années à la tête du Département fédéral de l'économie publique (DFEP), toutes les votations populaires de son ressort, à une exception près (initiative sur la protection des consommateurs), ont été gagnées[réf.nécessaire].
Il a effectué un voyage en Chine en 1979 pour promouvoir les exportations suisses et a rencontré Deng Xiaoping.
Après son mandat au Conseil fédéral, il a repris un grand nombre de sièges dans des conseils d'administration: Crédit Suisse, Elektrowatt, Sulzer, Zschokke, NZZ, fondation immobilière de l'aéroport de Zurich-Kloten, et Rentenanstalt, notamment. Il a aussi présidé à titre honorifique des institutions comme la Fondation Pestalozzi ou l'Aide sportive suisse.
Famille
L'aîné de ses deux fils, Eric, a suivi les traces de son père en politique. Il fut membre au Conseil d'État zurichois, directeur des finances du canton. Son rôle dans la débâcle de Swissair a été très controversé.
