Le , il devient Landesbischof de l'Église luthérienne de Brunswick, dont le siège est à Wolfenbüttel, jusqu'au [2],[3]. Il se concentre sur l'accompagnement spirituel des pasteurs et de leurs familles[3]. Face au nombre croissant de personnes quittant l'Église, il soutient des projets visant à établir un contact plus intense avec les membres, comme le missionnaire Neu anfangen[3],[2]. Il contacte également des personnes influentes en dehors de l'église, telles que des maires, des directeurs et des scientifiques. Après la réunification allemande, deux paroisses, Blankenburg et Calvörde, sont rattachées à l'église de Brunswick en 1992. Müller se rend à Blankenburg dès l'ouverture de la frontière pour établir le contact[3]. Durant son mandat d’évêque, il enseigne l’histoire de l’Église à l’université de Göttingen[3].
De 1990 à 1993, Gerhard Müller est également évêque principal (allemand: Leitender Bischof) de l'Église luthérienne unie d'Allemagne, après avoir été vice-évêque pendant trois ans[3].
↑ D. J. van de Kaa, Kaa et Y. de Roo, De Leden Van de Koninklijke Nederlandse Akademie Van Wetenschappen: Een Demografisch Perspectief: 1808 Tot 2008, Amsterdam University Press, (ISBN978-90-6984-552-4, lire en ligne), p.316