Gisèle de Bourgogne serait née vers 950. Elle est la fille aînée du roi ConradIII de Bourgogne (nommé Conrad 1er en tant que roi d'Arles) et de sa première épouse Adélaïde de Bellay. Elle est une nièce d'Adélaïde de Bourgogne, épouse de l'empereur OttonIer.
Par son mariage avec Henri le Querelleur, neveu d'OttonIer, en 972, elle devient duchesse de Bavière. Elle est également la mère du futur empereur HenriII, né le . Pendant la détention de son mari, destitué par l'empereur OttonII en 976, elle se retrouve à Mersebourg en Saxe. Après que l'impératrice Théophano lui ait pardonné en 985, le duc Henri meurt le .