Délivré par les Vendéens, Donnissan se retire un temps au château de la Boulaye puis rejoint l'Armée catholique et royale. Déjà assez âgé, Donnissan n'exerce pas longtemps le poste de général et est désigné président du Conseil vendéen et gouverneur du Roi des terres tenues par les forces vendéennes.
Il participe à la planification de l'attaque de Nantes en cherchant à se rapprocher de l'armée de Charette et en rédigeant la sommation adressée aux Nantais.
À la suite de la défaite des Vendéens à la bataille de Cholet, Donnissan suit l'armée lors de la Virée de Galerne. Il est cependant séparé de sa femme et de sa fille à la bataille de Savenay. Donnissan échappe au massacre mais il est capturé par les Républicains à Montrelais alors qu'il cherchait à traverser la Loire. Il est conduit à Angers où il est jugé, condamné à mort et fusillé le .
Sources
Émile Gabory, Les Guerres de Vendée, Robert Laffont, édition de 2009, p.1424-1425