Günther Hölbl a d'abord étudié le latin et l'histoire à l'université de Vienne pour devenir professeur. Il obtient sa maîtrise en 1972. Il suit ensuite un cursus de doctorat en égyptologie et en philologie classique. Il obtient son doctorat en 1975 et devient lecteur universitaire pour l'Égypte hellénistique et romaine à l'université de Vienne en 1978. En 1982, il obtient son habilitation en égyptologie et est nommé professeur d'université. Il enseigne jusqu'en 2012 à l'Institut d'histoire ancienne et à l'Institut d'égyptologie de l'université de Vienne. Depuis 1983, Hölbl enseigne également à l'université de Salzbourg et, de 2004 à 2012, à l'université de Catane (d'abord à Syracuse, puis en 2011-12 au Corso di Laurea in Archeologia à Catane). En 1998, Hölbl est nommé professeur d'université extraordinaire à Vienne. À titre professionnel, il est collaborateur scientifique de la Commission égyptienne de l'Académie autrichienne des sciences de 1983 à 1993 et conservateur de la collection égypto-orientale du Kunsthistorisches Museum de Vienne de 1993 à 2003.
Les domaines de spécialisation de Günther Hölbl sont l'histoire et la culture de l'Égypte ptolémaïque et romaine. Un autre de ses principaux domaines de travail est l'étude de la propagation de la culture et de la religion égyptiennes antiques dans le bassin méditerranéen.
