Après avoir été membre du conseil communal et conseiller exécutif de Loppersum, il est nommé bourgmestre de Muntendam le , puis est élu aux États provinciaux de Groningue trois ans plus tard. Il n'y effectue qu'un mandat de quatre ans, puis devient, en 1988, bourgmestre de Veendam. Il conserve ce poste jusqu'à sa désignation comme bourgmestre de Leeuwarden, cinq ans après.
Le , Haijo Apotheker est nommé ministre de l'Agriculture, de la Protection de la nature et de la Pêche au sein de la seconde coalition violette dirigée par le social-démocrate Wim Kok, mais démissionne dès le .
Il fait son retour à la politique locale le , comme bourgmestre par intérim de Steenwijk. Lorsque celle-ci fusionne avec d'autres villes pour former la commune de Steenwijkerland, le , il en est désigné bourgmestre. Il renonce à ce poste le , pour devenir bourgmestre par intérim de la commune de Sneek. Le , lors de la création de la commune de Súdwest-Fryslân, il en devient le premier bourgmestre. De janvier à , il occupe la même fonction dans la nouvelle commune de Waadhoeke. Enfin à partir du , il est le premier bourgmestre de la nouvelle commune de Noardeast-Fryslân, fonction qu'il quitte en .
