Il est le à Fort Hall, puis le à Fort Boise, près de Caldwell et en à Fort Walla Walla. Il a traduit la Bible dans la langue des Nez-Percés, qu'il a tenté de traduire.[pasclair] En 1847 a lieu le massacre de Whitman, dans la mission de Waiilatpu, dans l'État de Washington: ses amis Marcus et Narcissa, dix hommes de la mission et deux adolescents de 15 et 18 ans sont massacrés par des Cayuses leur reprochant d'avoir empoisonné par leurs soins près de deux personnes, alors qu'il semble s'être agi en réalité d'une épidémie infectieuse, épisode qui va déclencher la guerre Cayuse, entre 1847 et 1855.
