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Ievgueni Gnedine est le fils du révolutionnaire russe Alexandre Parvus, installé en Allemagne et membre du Parti social-démocrate d'Allemagne. Il vint en Russie avec sa mère, Tatiana Berman, en 1904. En 1916, il acheva ses études secondaires à Odessa et entra à la faculté de médecine de l'université d'Odessa. En , pendant la guerre civile, il s'engagea dans les rangs des partisans contre les blancs.
De 1922 à 1935, il exerça différentes responsabilités au sein du commissariat du peuple aux Affaires étrangères. De à , il fut premier secrétaire de l'ambassade soviétique à Berlin. Il revint ensuite à Moscou où il dirigea le service de presse du ministère des Affaires étrangères, notamment pendant les fameux procès de Moscou.
Ievgueni Gnedine fut arrêté en 1939 et plaida non coupable aux accusations portées contre lui, bien qu'il ait été torturé plusieurs fois au cours de l'enquête. Il fut d'abord détenu à la prison Soukhanovo, près de Moscou, un établissement pénitentiaire établi en 1938 par le NKVD pour accueillir les « ennemis du peuple » particulièrement dangereux. Après la fin de l'enquête, en 1941, il fut condamné à 10 ans de prison et à l'exil permanent. Le , après la mort de Staline, il écrivit une lettre au praesidium du comité central du PCUS. Il fut réhabilité en puis réintégré dans le Parti communiste.
À partir de 1956, il s'engagea activement dans le journalisme et dans la défense des droits de l'Homme. Il fut un ami d'Andreï Sakharov. En signe de protestation, il quitta le Parti communiste en 1979.
Ievgueni Gnedine est décédé le à Moscou, à l'hôpital Botkine. Il avait épousé Nadejna Markovna Gnedina, née Brody (1905-1991), écrivain et traductrice, et eut une fille, Tatiana Ievguevna Gnedina (née en 1924), physicienne et auteure de science-fiction.
