Il s'investit tôt dans le négoce du charbon, qu'il associe à la banque à partir de 1795. Important acquéreur de biens nationaux et avançant des fonds à l'administration de Jemappes, il réussit à s'imposer comme un interlocuteur inévitable pour de nombreux d'industriels (charbon, verre, sidérurgie, etc.).
En 1802, il est l'un des fondateurs de la Société minière de Mariemont, avec son frère Nicolas, son beau-frère Charles Duvivier, Jean-Baptiste Hardenpont et Pierre-François Tiberghien.
Bénéficiant d'une grand influence, constituant un réseau croisé de relations dans le monde des affaires et de l'administration avec son frère, Isidore Warocqué devient membre du Conseil général du département de Jemappes en 1803, préside le tribunal de commerce de Mons de 1812 à 1832, représente l'ordre des villes au sein des États provinciaux du Hainaut en 1816, siège au Conseil de régence de 1817 à 1834, à la Chambre de commerce de Mons jusqu'en 1834 (dont il est vice-président) et au conseil d'inspection et d'administration du Dépôt de mendicité.
À la fin du régime français, il est la quatrième plus important contribuable de la place de Mons. Les suites de la révolution belge de 1830 vont conduire à sa chute, causée par de mauvais placements et l'échec du projet Hannone-Gendarme. La banque Warocqué n'est pas capable de surmonter la situation. La Société générale de Belgique se retourne contre lui et sa faillite est prononcée le . Finissant ruiné, il s'exile alors à Dunkerque.
