Né Eugene McDuffy à Champaign, dans l'Illinois, McDuff a commencé par jouer de la basse dans le groupe de Joe Farrell. Sur les conseils de Willis Jackson, qui l'avait également engagé comme bassiste à la fin des années 1950, McDuff a troqué la basse contre l'orgue Hammond et s'est attiré l'attention de Prestige Records, tout en continuant à jouer avec le groupe de Jackson. McDuff se retrouve vite à la tête de plusieurs groupes, où l'on retrouve des musiciens comme Red Holloway, Harold Vick au saxophone, Joe Dukes à la batterie ou même un jeune George Benson à la guitare.
McDuff a enregistré plusieurs albums, aujourd'hui considérés comme des classiques, sur Prestige, dont son tout premier album solo Brother Jack en 1960, The Honeydripper (1961), avec le saxophoniste ténor Jimmy Forrest et le guitariste Grant Green, Brother Jack Meets The Boss (1962), avec le saxophoniste ténor Gene Ammons, ou encore Screamin’ (1962).
Après son passage chez Prestige, McDuff rejoint le label Atlantic Records pour une courte période puis enregistre pour Blue Note dans les années 1970. To Seek a New Home (1970) a été enregistré en Angleterre avec une line-up de musiciens comprenant le blues shouter Jimmy Witherspoon et certains des meilleurs musiciens britanniques de jazz du moment, dont Terry Smith à la guitare et Dick Morrissey au saxophone ténor.
À la fin des années 1970 et durant les années 1980 McDuff a moins d'opportunités d'enregistrer tout en continuant à diriger des groupes qui révèleront de nombreux musiciens (Jerry Weldon, Leo Johnson, Jim Snidero, etc.). Il faudra attendre la fin des années 1980 pour que McDuff enregistre à nouveau du jazz, pour le label Muse. Il signe ensuite avec le label Concord Jazz en 1991. George Benson apparaît en 1992 sur l'opus de son mentor Colour Me Blue.
Malgré des problèmes de santé, McDuff a continué à travailler et à enregistrer tout au long des années 1980 et 1990, et a fait une tournée au Japon avec l'organiste Atsuko Hashimoto en 2000. "Captain" Jack McDuff, comme il a été convenu de le surnommer, est mort d'une insuffisance cardiaque à l'âge de 74 ans à Minneapolis, dans le Minnesota.
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