Jean-Baptiste Brondel naît à Bruges dans une famille de sept enfants et de cinq garçons, dont il est le dernier-né. Son frère aîné sera ordonné prêtre et l'une de ses sœurs prendra le voile. Il est éduqué chez les frères xaviériens de Bruges, puis au collège Saint-Louis de Bruges. Inspiré par l'exemple du missionnaire jésuite, Pierre-Jean De Smet, il décide de se porter volontaire pour l'Amérique du Nord. Il s'y prépare en étudiant la théologie et la philosophie au collège américain affilié à l'université de Louvain.
Il est ordonné prêtre à l'âge de vingt-quatre ans par l'archevêque de Malines, Engelbert Sterckx, le , à la faveur d'une dispense d'âge accordée par Pie IX. Il continue ses études au collège américain pendant deux ans, puis arrive à Vancouver en 1866. Il enseigne d'abord au collège universitaire des Saints-Anges (Holy Angels College), avant d'être envoyé un an plus tard dans le territoire de Washington, où il devient curé de la paroisse de Steilacoom et de ses missions alentour pendant dix ans. Il fait construire une église à Tacoma et à Olympia. Il est nommé à Walla Walla en 1877, mais retourne à Steilacoom l'année suivante.
MgrBrondel fait de nombreuses visites pastorales à travers tout son large diocèse pendant ses vingt années d'épiscopat, fondant de nouvelles paroisses et construisant de nouvelles églises. Le nombre de prêtres augmente sensiblement durant ces années. Le nombre de séminaristes passe de un à treize. Il s'efforce d'évangéliser les tribus indiennes, et le gouvernement américain soutient ses efforts dans le domaine social.
