Fils de Jean-Baptiste Yves Garnier du Fougeray (1689-1747), capitaine de vaisseau et chevalier de Saint-Louis, et d'Anne Françoise Marie Céleste Forty, Jean-Baptiste Garnier du Fougeray s'occupe du commerce des pêcheries à Terre-Neuve, lorsque ses opinions royalistes le rendirent suspect au régime impérial: arrêté et emprisonné, il est détenu pendant toute l'année 1813.
Le retour des Bourbon le rend à la liberté et il est alors envoyé à la Chambre des députés par le collège de département d'Ille-et-Vilaine le . Siégeant dans la majorité de la Chambre introuvable, il fait partie de plusieurs commissions, notamment de celle du budget, et intervient plusieurs fois sur des matières de finances. Il propose de voter des remerciements à Vaugiraud pour avoir «sauvé la Martinique» pendant les Cent-Jours. Réélu le , il s'oppose au gouvernement Decazes. Obtenant encore une fois sa réélection le , puis le , il gagne une grande influence lorsque Jacques-Joseph Corbière, dont il est un des proches, devient ministre de l'Intérieur. Avec son appui, il est questeur en 1822 à 1828, bibliothécaire du ministère de l'Intérieur et membre de la commission d'indemnité aux émigrés.
