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Jean-Baptiste Marie Scipion est le fils de Pierre Joseph Hilarion Ruffo seigneur de Bonneval et de La Fare, lieutenant colonel d'Infanterie chevalier de Saint-Louis et de Marie-Elisabeth de Trousset d'Héricourt. Il est donc le frère cadet de Sixte Louis Constant Ruffo de Bonneval, déjà nommé à la tête de l'évêché de Senez en 1783. Scipion est élève au collège des Jésuites d'Aix et fait sa philosophie et théologie à Paris, puis rentre dans la maison de Navarre. Ordonné prêtre, il devint grand-vicaire de l'évêque de Senez, puis grand-vicaire et chanoine d'Aix.
Il fut nommé évêque de Senez en 1787 confirmé en décembre 1788 et consacré l'année suivante. La constitution civile du clergé supprime l'évêché de Senez en 1790. Capturé et fait prisonnier par les Révolutionnaires le , il ne retrouva sa liberté que deux mois plus tard, mais fut jugé coupable d'avoir continué à exercer ses fonctions épiscopales.