Il vient de la famille noble de Franconie des Egloffstein. Ses parents sont Otto von Egloffstein et Osanna von Hirschberg. Ses frères Konrad von Egloffstein(de) est grand commandeur de l'ordre Teutonique de 1396 à 1416, Hartung chanoine de Bamberg.
Il est élu à l'unanimité évêque de Würzburg le . Dans le cadre de sa politique financière et administrative, il a divisé la ville de Würzburg en quatre parties et quatre faubourgs. En 1402, il fonde l'université de Wurtzbourg.
Après la défaite des chevaliers teutoniques à la bataille de Grunwald en 1410, Johann va en Prusse et participe aux négociations de paix entre l'ordre et la Pologne. Avec son frère, il est présent pour recevoir le traité de paix de Toruń.
Il cherche à étendre son influence dans le diocèse de Würzburg au-delà de ses limites territoriales. Cela conduit en 1403 à des tensions avec le burgraviat de Nuremberg. En 1408, il conclut des accords avec ses voisins de Henneberg, Wertheim, Castell, Rieneck et Hohenlohe.
Comme la dette du diocèse continue d'augmenter, Johann écrit au pape qui lui donne l'autorisation de percevoir des impôts supplémentaires, à savoir une dîme spirituelle pour une période de trois ans. En 1403 et 1408, il signe des chartes envers les Juifs, probablement avec l'intention d'encourager l'afflux de capitaux. Le chamberlain du collège des cardinaux, l'évêque Henri de Tusculum, le menace d'excommunication et prolonge le délai de paiement. Un autre créancier, le chevalier Johann von Kronberg, assigne l'évêque devant un tribunal, ce qui est annulé par l'intervention de Robert Ier du Saint-Empire.
Il meurt en 1411 à Forchheim. La rumeur dit qu'il a été empoisonné. Le chapitre de la cathédrale a écrit des vers satiriques sur son épitaphe que relève Lorenz Fries(de); elle est aujourd'hui disparue.
