Johannes Baptista Verheyen, né le à Bokhoven (Brabant) et mort le à Bois-le-Duc, est un homme politique néerlandais, membre de la Régence d'État, l'organe exécutif de la République batave, de 1801 à 1803. Il est notamment le premier catholique à entrer dans un gouvernement néerlandais.
Privé de fonction publique du fait de sa religion, Verheyen accueille avec enthousiasme la Révolution batave. En , lorsque le Brabant est déclaré province à part entière, il est élu député de Tilbourg à la première assemblée nationale batave jusqu'au . Il devient alors intendant du général de Montmorency-Robecq, émigré en Brabant.
Le , il est élu député de Bois-le-Duc au Corps législatif batave avant d'être nommé le suivant à la Régence d'État. Il en assure la présidence du au . Il se montre favorable à l'influence française, tranchant avec la majorité des membres du gouvernement. Le , il est tiré au sort pour quitter la Régence lors de son renouvellement annuel. Il est remplacé par Cornelis Bijleveld.
Il est membre de l'assemblée du département du Brabant du au . Il entre alors au Corps législatif du royaume de Hollande comme député du Brabant. Après l'incorporation de la Hollande à l'Empire français, Verheyen est élu président du conseil général des Bouches-du-Rhin puis commissaire général du département de janvier à la chute de l'empire en .
