Après ses études dans l'Indiana, il commence à enseigner la littérature anglaise dans des universités catholiques du Minnesota, de l'Illinois puis à Boston. Il se marie en 1968.
Après avoir lu Le Seigneur des anneaux de J. R. R. Tolkien, il écrit The Face in the Frost. Ce roman sur deux magiciens, Prospero et Roger Bacon, est considéré comme un chef-d'œuvre de fantasy. Il n'est cependant pas traduit en français.
Son éditeur lui suggère d'écrire ses romans suivants pour la jeunesse, qu'il publie à partir de 1973. Les trois premiers ont pour personnages principaux un orphelin, Kevin Barnavelt, l'oncle qui l'a recueilli, et leur voisine. Le jeune garçon découvre qu'ils sont des magiciens. Ses romans pour la jeunesse sont en général centrés sur un mystère angoissant, lié au surnaturel.
Les couvertures de la plupart de ses romans sont l'œuvre d'Edward Gorey. En France, les livres sont publiés sous forme de romans illustrés dont les dessins sont réalisés par Lalex.
John Bellairs meurt à 53 ans d'une maladie cardio-vasculaire.
Après sa mort, ses séries pour la jeunesse sont poursuivies par Brad Strickland, qui a repris ses romans inachevés puis en a écrit entièrement d'autres.
