Lorsque le Parlement croupion est réinstauré à la retraite de Richard Cromwell, Lambert devient membre du Committee of Safety et du Council of State.
En , Lambert est envoyé avec de fortes troupes pour aller à la rencontre de George Monck, qui était au commandement des forces anglaises en Écosse. Lambert devait négocier avec lui ou le forcer à se soumettre à la volonté du Parlement. Avec le support de Thomas Fairfax, Monck parvient toutefois à prendre la direction du sud. L'armée de Lambert se désagrège face aux pressions de Monck, et il rentre quasiment seul à Londres, la plupart de ses soldats ayant déserté. Monck marche donc sur Londres sans aucune opposition. En , Lambert est emprisonné dans la tour de Londres.
Littérature
Apparait dans le roman de Alexandre Dumas, "Le vicomte de Bragelonne", troisième et dernier opus des aventures de d'Artagnan après "Les trois mousquetaires" puis "Vingt ans après".