En 1847, lorsque la deuxième guerre carliste éclate, il revient en Espagne. Nommé général de brigade, il participe à de nombreuses batailles et réalise plusieurs actions valeureuses qui lui valent d'obtenir le commandement militaire de Tarragone, puis provisoirement celui de la Catalogne. En 1849, il échoue néanmoins à Selma, où il est vaincu par le général Quesada. Il quitte à nouveau son pays à la fin de la guerre.
Il s'installe à Rome en 1860, avec le grade de maréchal, et intègre l'armée du Vatican. Il se rallie ensuite à François II, roi de Sicile, déchu de son trône par le révolutionnaire Giuseppe Garibaldi. Il combat alors entre la Calabre et la Basilicate, parfois aux côtés de bandits comme Carmine Crocco. En , abandonné par ce dernier, il se rend à Rome pour informer François II.
José Borges ne parvient jamais à Rome. Le , il est fait prisonnier et abattu en chemin (à Tagliacozzo) par des soldats de la maison de Savoie du roi Victor-Emmanuel II. Son corps est inhumé dans l'église du Gesù (Rome). Victor Hugo en personne a condamné son exécution, jugeant les méthodes de répression de Victor-Emmanuel comme extrêmes.
Source
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