Porté sur une liste pour l'épiscopat en 1802, il n'est pourtant point nommé. Son frère, dont le crédit est puissant, veut alors lui faire donner la cure de Saint-Sauveur, poste que l'abbé Lanjuinais occupait sous l'évêque constitutionnel, et Portalis fait à ce sujet de vives instances à Mgr de Maillé, nouvel évêque de Rennes, qui refuse constamment à son protégé la première cure de la ville.
Le prélat voit moins d'inconvénient à le nommer chanoine. L'abbé Lanjuinais parait d'abord se soumettre à ce qui lui est demandé par l'évêque: il signe une profession de foi dirigée contre les erreurs des constitutionnels, la rétracte, s'y soumet de nouveau, et continue de se montrer l'ami et le soutien du parti janséniste à Rennes.
Mgr Mannay, devenu évêque de ce diocèse, mande Lanjuinais en , et essaye de le ramener à une soumission complète et définitive aux décisions de l'Église, et, ne pouvant y réussir, lui retire ses pouvoirs.
Le chanoine va alors se fixer auprès de son frère à Paris, en conservant son traitement de chanoine. L'esprit de parti se mêle dans cette affaire et tente, mais sans succès, d'agiter l'opinion. L'abbé Lanjuinais meurt le .
.jpg)
