Le , Bonnet d'Honnières est nommé chef de brigade à la 51edemi-brigade de deuxième formation par le général Moreau et il est confirmé dans ce grade par arrêté des consuls avec effet rétroactif au . Il se signale à la bataille de Hohenlinden le . En 1803, il est affecté au camp de Bruges avec le grade de colonel. Le , il est fait officier de la Légion d'honneur. Il sert en Autriche et est promu général de brigade le . Le , il reçoit le commandement de la 2e brigade de la 1re division (général Morand), composée du 13e régiment d’infanterie légère. Il participe à la bataille d'Auerstaedt le avec le IIIe corps et il est blessé au cours de l’attaque, mais cela ne l’empêche pas de s’illustrer encore à la bataille de Golymin le suivant.
Le , il participe à la bataille d’Eylau à la tête de sa brigade. Dans l’après-midi, il est blessé d’un coup de biscaïen à l’épaule droite et il meurt de ses blessures à Kisiten le , à l’âge de 43 ans.
Sources
Georges Six, Dictionnaire biographique des généraux & amiraux français de la Révolution et de l'Empire (1792-1814) (page 127)