Il entre en 1918 dans le corps de l'intendance militaire et est promu sous-intendant militaire de 3eclasse le . En 1920, Joseph Frédéric Bernard prend un congé sans soldes pour deux ans, mais est en fait réintégré le et affecté au service de la solde et des transports du ministère de la Guerre, où il est le , après avoir gravi les échelons hiérarchiques, nommé directeur de l'intendance[3].
Le , il est nommé dans le cabinet réuni à Bordeaux par Philippe Pétain Commissaire général au ravitaillement, poste auquel il demeure jusqu'au . L'occupation ne fait pas cesser ses activités et il sert le régime de Vichy en tant que directeur de l'Intendance de la 15erégion à Marseille à partir du , puis, à compter du est nommé inspecteur général interrégional de l'Intendance de la zone Sud-Est[3]. Le , il est atteint par la limite d'âge et versé dans la réserve[3].
Pour sa participation à la Première Guerre mondiale, où il fut blessé, Joseph Frédéric Bernard eut droit à une citation. En tant qu'intendant, il fut commandeur de la Légion d'honneur à compter du et décoré de la Croix de Guerre dès le [3].
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