Motta e Silva étudie la philosophie à Évora et la théologie à Coimbra, où il obtient un doctorat. Plus tard, il est chanoine à la collégiale São Tomé de Lisbonne. À la demande de Jean V, roi du Portugal, le pape Benoît XIII le crée cardinal lors du consistoire du , mais il ne se rend pas à Rome pour recevoir la barrette et le titre. Il est ensuite nommé par le roi archevêque de Braga-primat des Espagnes et seigneur de Braga en 1732, mais n'obtient jamais la confirmation du Saint-Siège; et l'archidiocèse reste vacant de 1728 à 1740.
En 1736, après la mort de Diogo de Mendonça Corte Real, diplomate et secrétaire d'État, João da Motta e Silva devient le principal conseiller du roi Jean V, une sorte de Premier ministre, bien qu'il n'ait jamais été nommé officiellement à ce poste.