Il fait ses débuts en ligue majeure le face aux Chicago White Sox et parvient à ne concéder aucun point lors de sept de ses neuf apparitions avec les Indians en .
Lara n'a pas la même réussite lors de la saison 2007. Il ne joue qu'un seul match avec les Indians et concède deux points en affrontant quatre batteurs; il est reversé en Triple-A chez les Buffalo Bisons.
Victime d'un accident de la circulation touchant ses vertèbres le , Juan Lara ne rejoue qu'en 2008 et est reversé en ligue mineure. Il est libéré par les Indians en fin de saison.