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En , il est devenu directeur du Isaac Newton Institute for Mathematical Sciences à Cambridge.
Au début des années 2000, Moffatt avait modélisé le comportement de ce qui est appelé le disque d'Euler, objet sphéroïde qui, une fois lancé, augmente sa vitesse de rotation jusqu'à brusquement cesser de tourner. Lors d'une conférence, un auditeur lui a demandé comment il expliquait la rotation de l'œuf dur. Il croyait que des retouches à la modélisation de disque d'Euler suffiraient. En travaillant sur le sujet, il s'est rendu compte que l'œuf était notablement plus difficile à modéliser. Lui et Yutaka Shimomura ont mathématiquement modélisé le phénomène de la rotation de l'œuf dur, et ont fait paraître leurs résultats en 2002 dans le magazineNature.
Sur le thème de la turbulence, il affirme avoir publié plus de 100 articles et une monographie intitulée Magnetic Field Generation in Electrically Conducting Fluids (1978).