Lüganuse a été mentionné pour la première fois par écrit sous le nom de Lygenus au XIIIe siècle dans le Liber Census Daniæ du roi Valdemar II de Danemark. La paroisse est depuis dédiée à saint Jean-Baptiste.
La paroisse (Kirchspiel) comptait avant 1919 neuf domaines, un pastorat, six domaines seigneuriaux (Rittergut) et deux fermes domaniales. L’église paroissiale était située dans la localité de Püssi (anciennement Neu Isenhof). Les manoirs les plus importants étaient ceux de Haakhof (aujourd’hui Aa), Wrangelstein (aujourd’hui Maidla), Alt Isenhof (aujourd’hui Purtse), et Sackhof (aujourd’hui Saka).
