En dépit des liens familiaux qui l’unissent à César, Philippus ne prend pas son parti lors de la guerre civile qui l'oppose à Pompée, se liant même aux adversaires de César au sénat. Pour cette raison, Philippus n'a pas de province à gouverner. Sentant la menace, conséquence de son opposition, il demande à César de lui permettre de rester hors de conflit, en demeurant en Italie pendant cette période de troubles. César est clément, voyant qu'il ne compte pas un ennemi de plus, à défaut de compter un partisan de plus. Philippus est également un ami proche de Cicéron.
Le désir de Philippus d'éviter les conflits est évident tout au long de sa vie. Quand son beau-fils Octave est désigné comme héritier de César, Philippus essaye de le dissuader d'accepter cette charge par crainte de Marc Antoine. Il enrôle Atia pour essayer de convaincre le jeune homme de refuser, mais en vain. Bien qu'il se soit opposé à Marc Antoine, Philippus a participé comme légat à la délégation de la rencontre de Mutina. Atia meurt en 43 av. J.-C., et, selon Ovide, Philippus épouse l’une des sœurs de son épouse. Ils ont eu un fils, Lucius Marcius Philippus.