La source de la Löcknitz se situe à l'ouest du Mecklembourg-Poméranie-Occidentale, dans l'arrondissement de Ludwigslust-Parchim, au nord-est de Ziegendorf sur les contreforts ouest des Ruhner Berge. De la source, la Löcknitz s'écoule vers le sud. À la hauteur de Balow, le Brandsöhler Bach se jette dedans. Près de Streesow, se jette dans la Löcknitz la Tarnitz qui fait la frontière avec le Brandenbourg (Arrondissement de Prignitz) ; peu après, le Karwe se jette sur le côté gauche. À l'ouest de Karstadt, la Bundesstraße 5 passe au-dessus de la Löcknitz, qui continue de couler entre de vastes zones forestières. À partir de Karstädt, le Löcknitz atteint une largeur de 10 à 14 mètres et une profondeur d'eau moyenne entre 0,7 et 1,3 mètre ; à un seuil, la profondeur peut atteindre 2 m.
La Löcknitz traverse la forêt de Gadower, à Bernheide se jette le Schmaldiemen. Ici, la rivière se courbe vers l'ouest et coule parallèlement à l'Elbe à quelques kilomètres de Lenzen. À Baekern, la Löcknitz mesure jusqu'à 70 m de large et jusqu'à 4 m de profondeur. Dans la zone urbaine, la Vieille-Elde rejoint la Löcknitz. Plus à l'ouest, la Löcknitz limite la Lenzer Wische, historiquement inondée par l'Elbe et la Löcknitz. À l'ouest de Polz, la Löcknitz forme sur une courte section la frontière entre le Brandebourg et le Mecklembourg-Poméranie-Occidentale. Jusqu'en 1973, son embouchure dans l'Elbe se trouvait à Klein Schmölen.
Afin d'améliorer son écoulement dans l'Elbe, qui a une pente plus élevée, en vue de la protection contre les inondations, la Löcknitz est étendue parallèlement à l'Elbe sur une dizaine de kilomètres. Cette Neue Löcknitz se courbe à Dömitz, à environ un kilomètre de l'ancienne embouchure ; alors la Löcknitz passe la Bundesstraße 191 puis coule vers l'ouest jusqu'à Dömitz. Là, elle est amenée au moyen d'un tunnel-siphon sous le canal d'Elde et est ensuite au nord de la ville. Six kilomètres au nord-ouest de Dömitz, la rivière se jette depuis 1973 près de Wehningen (km 513 du fleuve) jusqu'à l'Elbe. En cas d'inondation de l'Elbe, le déversoir de Wehningen peut être fermé et ainsi empêcher l'afflux de l'Elbe dans la Löcknitz.