L'histoire de MOLCAS commence dans les années 1970 avec le travail du groupe de B.O. Roos à l'université de Stockholm en Suède. Avec ses étudiants J. Almöf, P.E.M. Siegbahn et U. Wahlgren, il améliore et développe des nouvelles méthodes pour l'évaluation des intégrales électroniques (programme Molecule), la technique directe d'interaction de configuration, développe la version la plus utilisée de MCSCF (Multi-Configurational Self-Consistent Field) : CASSCF (Complete Active Space Self-Consistent Field), et créé un nouveau type de base gaussienne. Ce travail formera l'ossature de la version originale de MOLCAS présentée en 1989. Cette version de MOLCAS a de grandes similitudes avec le programme Molecule-sweden qui a été pendant plusieurs années le programme utilisée dans le groupe de chimie théorique de la NASA.
Les développements de MOLCAS les années suivantes l'ont rendu plus facile d'utilisation, et l'ont enrichi de nouvelles fonctionnalités. Les ajouts notables sont la méthode CASPT2 (Complete Active Space Perturbation Theory), une nette amélioration de l'évaluation des intégrales, des méthodes pour l'évaluation des gradients, des optimisations de géométrie et du calcul de fréquence, généralisation de CASSCF en RASSCF (Restricted Active Space SCF)...
Depuis la version 7, une attention est portée à l'étude de systèmes de plus en plus grands, avec en particulier le développement de la décomposition de Cholesky (CD).
