L'abbaye de Charenton étant devenue vacante par la mort de Jeanne de Bazerne qui en était l'abbesse, les religieuses élurent Madeleine d'Amboise, qui était déjà l'abbesse du monastère de Saint-Menoux. Celle-ci accepta cette élection à condition qu'on observât tout ce qui était prescrit par le droit. C'est donc une bulle pontificale qui autorise cette union, «cela aussi longtemps que ladite Madeleine vivra et qu'elle gouvernera le monastère de Saint-Menoux, de telle sorte qu'il lui soit permis de gouverner le monastère de Charenton et de s'en dire l'abbesse; comme aussi d'en percevoir les fruits et les revenus, tout en en supportant toutes les charges et en y conservant le nombre accoutumé de religieuses».
Madeleine d'Amboise administra ces deux monastères en prenant soin de ne laisser leurs droits se prescrire, notamment sur les prieurés rattachés.
Débredinoire de Saint-Menoux
En 1497, elle résigne sa charge d'abbesse de l'abbaye de Charenton au profit de sa nièce Marie de Rochechouart.
Madeleine d'Amboise décède le et est enterrée sous le chœur de l'abbatiale de Saint-Menoux. Sur son épitaphe, il est dit qu'elle fit construire le cloître, une partie de l'église et d'autres bâtiments et qu'elle eut le gouvernement de deux monastères.
