Le , une nouvelle 33e armée est levée en Birmanie, en prévision des tentatives alliées de reprendre le nord de la Birmanie, et Masaki Honda en devient le commandant. Avec cette armée en infériorité numérique et mal équipée, il combat dans la campagne de Birmanie de 1944-1945, où il mène des actions défensives très honorables contre l'ennemi, y compris une brillante évacuation de la 56e division sous le nez des forces chinoises en progression le . Mais finalement, son armée dispersée et désorganisée doit se replier dans le sud de la Birmanie, où il se rend en .
Honda prend sa retraite de l'armée en 1947 et décède en 1964.