Les derniers mois de Michel de Codignac dans l'Empire ottoman furent difficiles, en effet il a été vivement critiqué par le Grand VizirRüstem Pacha de l'échec du gouvernement français pour le remboursement des dettes françaises auprès des Ottomans. Michel de Codignac lui-même avait apparemment contracté des dettes et fut disgracié par le sultan.
Il revint en Europe en 1558, en passant par Venise en , et est entré au service de Philippe II d'Espagne, à la grande colère du gouvernement français. Il fut alors disgracié et remplacé par le nouvel ambassadeur de France auprès de l'Empire ottoman, Jean Cavenac de la Vigne.
