Motif de reconnaissance de l'ARN

PfamPF00076

Clan PfamCL0221

InterProIPR000504

PROSITEPDOC00030

Domaine de reconnaissance de l'ARN (domaine RRM, RBD ou RNP)

Architecture typique des domaines RRM, avec un feuillet β à quatre brins antiparallèles, accolé à deux hélices α. La face interagissant avec l'ARN simple-brin est celle du feuillet β.

Domaine protéique

Pfam	PF00076
Clan Pfam	CL0221
InterPro	IPR000504
PROSITE	PDOC00030
SCOP	1sxl
SUPERFAMILY	1sxl

Le motif de reconnaissance de l'ARN ou RRM (de RNA recognition motif en anglais )^[1],[2],[3] est un domaine protéique d'environ 90 acides aminés de long et qui est présent dans de nombreuses protéines eucaryotes connues pour fixer de l'ARN simple-brin^[4],[5],[6]. On le trouve en particulier dans plusieurs protéines participant aux petites ribonucléoprotéines nucléaires (snRNPp) du splicéosome et dans la Poly(A)-binding protein.

Ces domaines contiennent un motif conservé de huit acides aminés appelé séquence consensus RNP-1^[7],[8].

Les domaines RRM typiques se composent de quatre feuillets bêta antiparallèles et de deux hélices alpha disposés dans un motif en β-α-β-β-α-β avec des chaînes latérales qui s'empilent sur les bases de l'ARN. Une troisième hélice se forme parfois lors de l'interaction avec l'ARN^[9].