Nikolaj Mohr publie, en 1786, un Essai pour une histoire naturelle de l'Islande, accompagnée de diverses observations, économiques et autres (Forsøg til en islandsk Naturhistorie med adskillige oekonomiske samt andre Anmærkninger). Illustré de sept planches, l'ouvrage apporte notamment une contribution précieuse à la connaissance de l'avifaune nordique et est la première monographie à avoir été entièrement consacrée à la géologie, à la faune et à la flore de l'île et à en décrire les espèces vivantes en utilisant la nomenclature binominale de Linné.
Dans le domaine des sciences naturelles, on mentionnera encore son mémoire De la manière qu'ont les Féroïens, les Écossais et les habitants des îles Shetland de chasser les oiseaux de mer (Om Maaden, hvorpaa Færøenserne, Skotterne og Indbyggerne paa Hetland fange Yngelen af Sejen).
Par ailleurs, Nikolaj Mohr assista Svabo dans ses travaux de pionnier de la lexicographie féroïenne, dont la rédaction du premier dictionnaire du féroïen, qui ne fut jamais publié de leur vivant.
