Fils du général cosaque Gavriil Fedorovitch Babiev (1860-1921), Nikolaï Babiev est diplômé en 1909 de l’école de cavalerie Nicolas et sert dans le 1errégiment cosaque de Laba.
De 1914 à 1917, Babiev sert comme officier dans des unités cosaques et monte en grade jusqu’à obtenir, en , le rang de lieutenant-colonel. Il commande alors le 1errégiment de la mer noire des cosaques du Kouban.
Guerre civile russe
En , Babiev dissout son régiment et rejoint l’armée des volontaires avec une partie de ses hommes et officiers. Il participe à la première campagne du Kouban au cours de laquelle il est grièvement blessé au bras droit. En il est fait prisonnier par les rouges mais parvient à s'échapper de la prison de Maïkop où il était détenu.
En , Babiev, au rang de général-major, est le commandant de la 2ebrigade de cavalerie du Kouban au sein de la 1redivision du Kouban. En mars, il prend le commandement de la 3edivision du Kouban et est blessé à la tête en mai.
En , Babiev commande la cavalerie de l’armée du Caucase (brigades cosaques du Kouban et d’Astrakhan) puis, en , la division (par la suite corps d’armée) de cavalerie cosaque du Kouban de l’armée russe. Le , il est promu lieutenant-général.
Nikolaï Babiev participe en au débarquement du général Oulagaï au Kouban.
Le , lors de combats avec la 2earmée de cavalerie rouge de Mironov, Nikolaï Babiev est tué par un obus alors qu’il tentait de franchir le Dniepr aux alentours de Kakhovka.