Les origines de Paderno d'Adda remontent à la fin du premier millénaire, comme en témoignent certains documents historiques. Au fil des siècles, le village s'est développé autour de cours disposées les unes à la suite des autres, encore visibles aujourd'hui le long du chemin piétonnier principal, héritage de ses origines médiévales.
Au XIXe siècle, la construction du pont San Michele (1887-1889) marque un tournant dans l'histoire locale. Ce pont métallique, conçu par l'ingénieur suisse Jules Röthlisberger et construit par la Società Nazionale Officine di Savigliano, est un exemple emblématique de l'ingénierie industrielle de l'époque. Le pont, long de 266 mètres et haut de 85 mètres, est toujours en service aujourd'hui et a été proposé pour une inscription au patrimoine mondial de l'UNESCO en 2017, bien que cette candidature ait été retirée en 2024 en raison de la construction d'un nouveau pont à proximité.
Paderno d'Adda est également liée à l'histoire de la navigation fluviale sur l'Adda. Au XVIe siècle, le projet de construction d'un canal artificiel, le Naviglio di Paderno, est lancé pour contourner les rapides du fleuve et rendre la navigation possible entre Milan et le lac de Côme. Les travaux, commencés en 1591, ne sont achevés qu'en 1777, sous le gouvernement autrichien de Marie-Thérèse. Ce canal, long de 2,6 km, est encore visible aujourd'hui et fait partie du patrimoine historique et paysager de la région.
Au XXe siècle, Paderno d'Adda devient un centre industriel important, notamment grâce à la production hydroélectrique. La Société Edison construit entre 1896 et 1898 des centrales hydroélectriques sur l'Adda, qui sont encore aujourd'hui parmi les plus grandes au monde. Ces installations ont joué un rôle clé dans le développement économique de la région.