Il a été secrétaire d'État du Brunei de 1964 à 1967, avant de devenir troisième Menteri Besar (Premier ministre) de 1968 à 1972.
Il a ensuite occupé des postes diplomatiques importants, notamment celui de Haut-commissaire du Brunei en Malaisie de 1995 à 2001 et d'ambassadeur au Japon de 2001 à 2002.
Enfin, il a été nommé membre du Conseil législatif du Brunei (LegCo) en 2011, poste qu'il a occupé jusqu'à son décès en 2016.
Il était l'un des « Trois M » ou « Trois Mousquetaires », redoutés par le gouvernement britannique, aux côtés de Marsal Maun et du sénateur Pengiran Muhammad Ali.
Membre éminent de l'Association des enseignants malais du Brunei (PGGMB), Pengiran Muhammad Yusuf a joué un rôle essentiel dans la lutte contre l'influence coloniale britannique au Brunei, aux côtés de personnalités comme Jamil Al-Sufri, au début des années 1950.
Hibakusha, il était largement reconnu pour ses contributions à la gouvernance, à la littérature et à la diplomatie du Brunei. Il est notamment devenu le premier Brunei à recevoir un doctorat honorifique de l'Université d'Hiroshima et a écrit les paroles de l'hymne national Allah Peliharakan Sultan.
