Hainhofer étudie le droit aux universités de Sienne et de Padoue, et voyagea à travers l'Italie, l'Allemagne et les Pays-Bas. Il acquiert une solide connaissance de l'art et de plusieurs langues. Élu au Sénat d'Augsbourg en 1605, il est nommé correspondant politique dans la ville par le roi de France Henri IV, puis par le margrave de Bade et enfin par le duc Philippe II de Poméranie. Cette dernière nomination va revêtir une importance particulière : Hainhofer sert alors d'intermédiaire auprès du duc pour l'acquisition d'œuvres d'art et d'objets destinés à un studiolo (Kunstkammer), et pour la conception d'un cabinet de curiosités, le Pomerscher Kunstschränk, réalisé entre 1610 et 1617 environ et remis en personne au duc par Hainhofer en 1617. La structure du cabinet fut détruite par un incendie lors des bombardements de Berlin à la fin de la Seconde Guerre mondiale. Il est également connu pour avoir fait construire la première pendule à coucou de la Forêt-Noire, en Allemagne.
Philippe de Poméranie et d'autres princes firent appel à Hainhofer pour diverses missions diplomatiques. Les contacts qu'il noua lors de ses voyages contribuèrent également à développer son activité d'agent artistique, et il fit réaliser d'autres Kunstschränke. En 1632, il en offrit un au nom de la ville d'Augsbourg au roi Gustave II Adolphe de Suède. Ce meuble est le mieux conservé de ses Kunstschränke, il est exposé au Gustavianum de l'université d'Uppsala. Un autre, réalisé pour Auguste, duc de Brunswick-Lunebourg, est conservé au Rijksmuseum d'Amsterdam.
Hainhofer compila également un album amicorum contenant les signatures de nombreuses personnalités européennes, connu sous le nom de Das Große Stammbuch et finalement acquis par la bibliothèque du duc Auguste à Wolfenbüttel.
