Qiu est né dans une pauvre famille rurale de la province de Zhejiang, mais se montre très vite talentueux et très travailleur. En 1922, il entre à l'université de Shanghai, et est diplômé en sociologie. En 1924, il se rend dans la province du Guangdong et est admis dans la nouvelle académie de Huangpu où il choisit l’ingénierie militaire comme sujet d'étude. Il participe à une série de guerres locales grâce auxquelles le gouvernement nationaliste devient l'autorité politique dominante dans la région du delta de la rivière des Perles. En 1926, Tchang Kaï-chek devient le commandant-en-chef de l'expédition du Nord, et Qiu est promu capitaine, et participe à plusieurs combats sanglants. Lorsque le Kuomintang rompt avec le Parti communiste chinois en 1927, il est arrêté avec d'autres protégés de Tchang par le gouvernement communiste de Wuhan du Premier ministre Wang Jingwei mais les prisonniers parviennent à fuir et à rentrer à Nankin. Qiu est alors promu au rang de major par Tchang. En 1928, il est envoyé en Allemagne pour étudier les tanks et devient étudiant de Heinz Guderian à l'académie de guerre de Prusse, puis retourne en Chine où il co-organise les troupes blindées nationalistes, et est nommé chef d'État-major de la division d'entraînement, l'une des unités d'élite de Tchang.
Seconde guerre sino-japonaise
Durant la bataille de Nankin, Qiu est piégé dans la capitale chinoise assiégée, et les Japonais lui font faire du travail forcé. Mais il réussit à s'enfuir l'année suivante et devient vice-commandant de la 200edivision, la seule troupe blindée de Chine. En 1939, Qiu mène la nouvelle 22edivision du 5ecorps à la bataille du col de Kunlun(en). Il réussit à couper la route de retraite des Japonais, et à tuer le général Masao Nakamura(en). Pour ses actions, il est décoré de l'ordre du Trépied sacré et promu vice-commandant du 5ecorps. Il gagne également le surnom de « Qiu le fou » avec cette bataille. En 1942, après avec travaillé comme officier de l'État-major de Tchang Kaï-chek, il est promu lieutenant-général, et devient commandant du 5ecorps. Il participe à de nombreuses actions contre l'armée impériale japonaise dans la province du Yunnan. Le 5ecorps devient la garnison de Kunming en 1945 jusqu'à la fin de la Seconde Guerre mondiale.
Guerre civile chinoise
Après la guerre avec le Japon, Tchang Kaï-chek décide de soustraire le seigneur de guerre Long Yun du pouvoir. Qiu Qingquan et son supérieur Du Yuming encerclent le seigneur de guerre dans sa province de base et le force à abdiquer. En 1946, son unité est relocalisée à Nankin, et il lance rapidement une série d'offensives contre les zones tenues par les communistes dans le centre de la Chine. En 1948, il sauve la 25earmée du général Huang baito de l'encerclement communiste lors de la campagne de l'Est du Henan, mais il n'est pas promu ou récompensé pour ses actions alors que Huang reçoit lui le commandement du 7ecorps. Les espions communistes infiltrés dans le haut-commandement nationaliste, comme le vice chef d'État-major et le directeur de la planification militaire, commencent à répandre de rumeurs qui entraînent une rupture complète des relations de travail entre les deux généraux.
Campagne de Huaihai
En , la campagne de Huaihai(en) débute. Cependant, à cause des fuites de renseignements et des mauvaises décisions de Tchang, la 7earmée est assiégée dans le village de Nianzhuang, à l'Est de Xuzhou. La nouvelle 2earmée de Qiu Qingquan et la 13earmée de Li Mi sont chargées d'aider leur collègue encerclé, Huang Baitao. Mais après 11 jours de combats, les 160 000 nationalistes échouent à briser les lignes de défense des 170 000 communistes et, le , Huang Baito se suicide dans son quartier-général et la 7earmée est perdue. Le haut-commandement nationaliste ordonne l'évacuation de Xuzhou et les 2e, 13e et 16earmées se retirent vers le Sud de la rivière Huai He, mais leur retraite est bloquée par le nombre massif de réfugiés de Xuzhou. En route, elles reçoivent l'ordre de Tchang de se diriger au Sud-Est pour secourir la 12earmée de Huang Wei, et sont à leur tour encerclées par les communistes. Après un mois d'hiver de siège, Qiu Qingquan mène son armée pour briser l'encerclement communiste le . Après avoir réalisé que toute issue est impossible, il se suicide en se tirant une balle dans l'estomac. Il est décoré à titre posthume de l'ordre du Ciel bleu et du Soleil blanc et promu général.