En 1650, Jan van Riebeeck propose de vendre des peaux de bêtes sauvages d'Afrique du Sud au Japon[1].
En 1898, Furuya Komahei est le premier homme d'affaires japonais à ouvrir une boutique en Afrique du Sud. Le magasin du Cap était appelé Shoten Mikado. Il est resté ouvert jusqu'en 1942, lorsqu'il fut confisqué par le gouvernement sud-africain[2].
En 1904, les petites entreprises Iwasaki Kanzo à Durban ont été aidées par le ministère japonais de l'Agriculture et du Commerce[3].
En 1918, le Japon ouvre un consulat au Cap[4].
Les échanges commerciaux entre l'Afrique du Sud et le Japon se sont intensifiés à partir des années 60, les Japonais vivant en Afrique du Sud, dans le contexte de l'apartheid, recevant alors le statut honorifique de blanc honoraire[5].
Depuis 1994, une plus grande coopération entre le Japon et l'Afrique du Sud ont été limités par des conflits internes bureaucratiques et institutionnelles dans les deux pays[6].