Le Bénin et le Burkina Faso concluent des accords de coopération économique et transfrontalière. Le 18 mai 2001, les deux pays s'engagent pour améliorer le climat de leurs affaires[4]. La Chambre de Commerce du Burkina et Chambre de Commerce du Bénin signent un accord pour harmoniser le commerce bilatéral entre les deux pays, en novembre 2022. En 2023, le président Patrice Talon et le président Ibrahim Traoré établissent un accord-cadre pour une coopération transfrontalière[5],[6].
En 2015, le président Boni est désigné médiateur par la Communauté des États de l'Afrique de l'Ouest (CEDEAO) dans le cadre des élections présidentielles et législatives au Burkina Faso[7],[8]. Il participe, en novembre 2016, à la prestation de serment du président Michel Kafando[9],[10].
En juillet 2024, le Bénin convoque l'ambassadeur du Burkina Faso après les accusations d'hébergement de bases françaises et de déstabilisation formulées par le président burkinabé Ibrahim Traoré[11],[12].