San Millán (« Saint Émilien » en français) est un nom propre qui peut désigner:
San Millán est un nom de lieu notamment porté par:
En Espagne
San Millán-Donemiliaga une municipalité dans la province d'Alava, située dans la Communauté autonome basque;
San Millán de Juarros, une localité de la municipalité d'Ibeas de Juarros dans la province de Burgos, situé dans la Communauté autonome de Castille-et-León;
San Millán de la Cogolla, une municipalité de la région de Rioja Alta, dans la Communauté autonome de La Rioja.