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Président de la Commission militaire de Guantánamo
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La première audience présidée par Henley a eu lieu le 19 juin 2008. Le général de brigade Thomas W. Hartmann, le conseiller juridique de l'autorité convocatrice, le numéro deux du Bureau des commissions militaires, a témoigné devant la commission. Le capitaine Keith J. Allred, président de la commission militaire de Salim Ahmed Hamdan avait auparavant interdit à Hartmann de participer. Le major David Frakt de la Réserve de l'armée de l'air des États-Unis, défendant Mohammed Jawad contestait le rôle de Hartmann dans le choix du cas de Mohammed Jawad pour la poursuite.
Le 14 août 2008, Henley a interdit à Hartmann de participer davantage à la commission militaire de Mohammed Jawad. Selon Mike Melia, écrivant pour l'Associated Press, Henley a jugé que Hartmann: « ... a compromis son objectivité dans les déclarations publiques en s'alignant avec les procureurs et en défendant le système du Pentagone pour poursuivre les terroristes présumés. »
Cependant, Henley a choisi de ne pas rejeter les accusations portées contre Jawad en raison de la conduite controversée de Hartmann. Il a conclu que Frakt était autorisé à présenter des arguments pour abandonner les accusations contre Jawad directement à Susan J. Crawford, l'autorité convocatrice, pour savoir si les accusations contre Jawad étaient justifiées.
En juillet 2009, la juge du tribunal de district américain Ellen Huvelle a conclu l'examen de la requête d'Habeas corpus de Mohammed Jawad et a été déclarée civile. Le 28 juillet 2009, Frakt a déposé une requête devant Henley, à la suite de la décision de Huvelle. Il a fait valoir que les commissions militaires n'étaient autorisées qu'à juger les combattants ennemis illégaux et, comme il était officiellement civil, sa commission militaire n'avait pas compétence.
